台湾财政部关务署表示，因应口罩边境管理新措施，入境旅客携带总量250片以下之口罩，不论医用或非医用，得免申报及免输入许可，迳由绿线台通关。经济部国际贸易局(下称贸易局)已于9月16日公告，旅客入境携带总量250片以下者，不论医用或非医用，免向贸易局申请输入许可；旅客入境携带250片以下之医用口罩，免向卫生福利部食品药物管理署(下称食药署)申请医疗器材个人自用同意文件。
    对于16日实施之新措施，关务署举例说明如下:
1.旅客携带300片口罩入境，其中200片医用口罩，100片非医用口罩，200片医用口罩未逾食药署规范限量，无须向食药署申请个人自用同意文件。但医用及非医用计300片，已逾贸易局规范限量，超过之50片口罩，应向贸易局申请输入许可。
2.旅客携带400片口罩入境，其中300片医用口罩，100片非医用口罩，300片医用口罩已逾食药署规范限量，超过之50片医用口罩应向食药署申请个人自用同意文件；医用及非医用计400片，也逾贸易局规范限量，超过之150片口罩，应另向贸易局申请输入许可。
    台湾财政部关务署进一步表示，旅客携带超过250片口罩入境，应填具中华民国海关申报单向海关申报，并经红线台通关。超过部分，为非医用口罩者，应先向贸易局在线申请输入许可，如为医用口罩者，除申办贸易局输入许可外，另应向食药署书面申请个人自用同意文件，旅客应检具货品进口同意申请书及项目进口医疗器材供自用之切结书等资料迳向该署申办。至申办流程，可至贸易局网站/口罩输入许可QA及食药署外网查询。
    另对于择由红线台申报通关者，如未检具相关输入许可文件，得依入境旅客携带行李物品报验税放办法第10条规定，办理留关，俟取得贸易局输入许可号码或(及)食药署输入许可文件，经海关查验，始得提领；未能取得者，应予办理退运出口或声明放弃。